Silencio cuenta la historia de Águeda, una joven que llora la muerte de su madre, una suicida que sólo en la muerte encontró un camino para huir de la violencia de su marido. Cuando le niegan una tumba en el cementerio del pueblo, el cuerpo de la madre desaparece. Águeda sabe que su padre lo esconde, pero al desafiarlo, este decide castigar su atrevimiento con el encierro. Purgando su condena en una casa, la joven vivirá entre esas paredes como en un segundo vientre materno que la transformará. A través de los muros sentirá el mundo, las aves y las historias que le cuentan, conocerá el amor y la belleza; se dará cuenta de que, en esa sierra donde el crimen organizado manda, muchos son los que, como ella, lloran a sus muertos y buscan a sus desaparecidos.
